近年来，深圳市中医院以深化医药卫生体制改革为契机，以三级甲等中医医院等级评审为抓手，坚持“中医特色突出，服务质量优秀，价格相对低廉，病人称心如意”的定位，坚持“以人为本，精益管理，开源节流，结构调整，突出特色，文化引领”的发展理念，加强医院内涵建设，稳步推进各项工作，充分发挥了中医药在深圳市基本医疗服务中的作用。
认清形势，积极推进医改工作。一是在院班子会议、行政职能例会、院周会等会议中多次组织学习医改的相关文件精神，从国家、省、市不同层面认清公立医院改革的紧迫形势。二是按照全市统一部署，完善医院法人治理机制及问责制和绩效考核体系，成立以医院管理委员会为核心的法人治理机构；拟定《深圳市中医院章程》。三是规范实施临床路径，编制具有中医特色的临床路径。四是开展优质护理服务。五是进一步加强医院中医内涵建设，在诊疗服务方面突出中医特色和人文关怀。
以公益性为目标，控制“两费”增长。一是全面实施药品“零加成”。二是坚持“合理检查、合理用药、合理收费”。三是建立医院医疗服务成本控制标准，降低行政后勤服务成本。四是落实医用耗材统一采购制度。五是严格执行药品招标采购制度。六是坚持实施控制医院门诊平均费用和住院平均费用不合理增长的各项综合管制措施，控制两费增长。七是院、科签订综合目标管理责任书，将全年工作任务、质量指标等分解下达到个科室。
发挥中医药特色，开展便民惠民措施。深圳市中医院作为三级甲等中医医院、广东省中医名院、国家示范中医院，承担着该市大部分市民中医药诊疗的任务。2012年该院日均门诊量7414人，远超原来日均1800人次的设计负荷。近年来，医院通过优化流程、创新思路等手段，推出了一系列的便民惠民举措，有效缓解了看病难、住院难的问题，市民满意度大幅提升。
一是整合资源，成立便民服务中心。二是推出多种预约服务，热门专家号全部预约。目前已开通了网上、电话、现场、客户终端等11种预约挂号方式。三是中药房设“前台”，药方按药斗顺序“自动”调整。四是开展中药速递到家服务。五是推行弹性工作制，腾出医护办公室增加床位。六是优化就诊环境和流程，加强就诊导向分流工作。七是加强导医的培训和监管，并设立“导医服务质量奖”。八是设身处地为病患着想，改造医院卫生间。九是针对该市突发公共卫生事件和季节性疾病，利用中医药特色优势，通过媒体公布深圳预防人感染H7N9禽流感处方——防感汤；作为深圳市唯一的蛇伤诊治中心，在蛇伤高发季节，通过媒体提醒并指导市民进行自救。
以加强医德医风建设为抓手，深入开展“创先争优”。医院党委扎实开展“党建工作示范点”、“科学发展带头人”及创建“构建和谐医患关系示范岗”等主题活动，医院党委被国家中医药管理局评为“全国中医药系统创先争优先进集体”和市卫生人口计生系统“创先争优先进基层党组织”，机关二支部获得市创先争优鹏城先锋先进基层党组织。此外，医院开展“三好一满意”活动，推进创建“构建和谐医患关系示范岗”活动，目前医院有4个科室成为“创建构建和谐医患关系示范岗”单位，肝病专科挂牌卫生系统“构建和谐医患关系示范岗”。
加强专科专病能力建设，打造“名科”品牌。医院采取“见苗浇水，逐级培育，重点突破，树立典型”的办法。对患者需求量大、发展前景较好、中医特色突出的科室作为优先培养对象。目前，医院的重点专科建设已形成国家、省、市重点专科梯队，卫计委国家临床重点专科2个。国家中医药管理局重点学科建设项目2个。国家级中医重点专科3个，国家级中医重点专科建设单位3个。省级中医名科4个；省级中医重点专科9个；省“十二五”中医重点专科建设项目3个。市级优势医学重点学科1个，市级医学重点学科2个；市级中医特色专病专科18个。
实施中医药“名医”工程，“人才强业”战略。灵活机动引人才，多措并举育人才，改革创新用人才，大力度营造“用心引才、文化聚才，事业留才”的干事创业氛围。一是按照三级甲等中医医院的人才配备要求，加强中医药专业人才引进工作。二是继续落实“中医固本强基”工程（“四大经典学习班”、“全国名医论坛”、“名老中医师带徒”、“研究生导师论坛”）等。三是重视学术梯队和干部队伍的建设，建立鼓励医务人员成名成家的激励机制，把学科带头人培养和专科医师培训作为常规制度执行。四是邀请国医大师讲学和坐诊。目前陕西中医学院张学文教授、成都中医药大学郭子光教授已同意每年到医院讲学和领衔成立国医工作室。
医院本着“精神、团结、继承、创新”的院训精神，积极推进公立医院改革，取得了较好的成绩：提高了服务效率，2012年，医院的年总诊疗人次达262万人次，同比增长12.9%；住院人次达2.46万人次，同比增长13.2%。提高了服务质量，近年来，高分通过国家中医药管理局中医医院管理检查，并在2011年市年度医疗服务整体管理与质量控制评估工作中取得医疗服务和质量评级Ａ级，全市排名第一的好成绩。降低了服务成本，“两费”增幅均低于全市和全省的平均水平。提高了群众满意度，近两年在广东省省情调查研究中心调研结果，该院患者满意度全省排名第二和第十。医院综合实力显著增强，目前在研课题100余项，牵头了“十一五”、“十二五”科技重大专项各1项，分中心课题5项；国家自然科学基金科研课题13项、原人事部留学人员回国资助课题1项；省自然科学基金课题9项，国家中医药管理局课题10项，省科技计划项目6项。近年来，获得各级科技进步奖25项，出版著作13部，专利27项，发表论文408篇，SCI收录论文10余篇。
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