典型病例的诊断一般无困难。但疾病早期，常因症状不明显或缺乏特征性而易漏诊。下列几点可做为诊断本病的依据。
一、临床表现有长期发热、盗汗、腹痛、腹泻（或便秘）的青壮年患者。
二、肺结核或其它肠外结核患者原病灶已好转，医.学教育网搜集整理但消化道症状和结核毒血症状反见加重者。
三、右下腹肿块伴压痛，或出现原因不明的不完全性肠梗阻表现者。四、胃肠X线检查回盲部有激惹、钡剂充盈缺损或狭窄征象者。
对于疑有肠结核的患者，在初步排除相关的疾病后，仍难确诊时，可给予抗结核药物，治疗两周，观察疗效，以帮助诊断。
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