根据发病机制的不同，治疗不同。随着对免疫机制更好的了解，有更多的治疗方法可供选择，但仍有许多肾脏疾病对治疗无效。
治疗的原则包括通过去除抗原，抗体及免疫复合物来调节宿主免疫机制；借助免疫抑制药物来诱导免疫抑制；和给予抗炎药物及在某些情况下用血小板抑制及抗凝药物。如果不能清除抗原，则应减少抗原负荷和增加抗体，促使自身的网状内皮系统去除免疫复合物。血浆置换用于抗基底膜病，急性移植物排异以及SLE可有效。血浆置换必须给予皮质类固醇和免疫抑制药物维持使用。
少数疾病（如SLE，急性移植物排异和可能膜型肾小球肾炎）对皮质类固醇每天给药或大剂量用药（即甲基强的松龙琥珀酸钠10～15mg/kg每周或每月静脉注射）有效。硫唑嘌呤或霉酚酸酯与皮质类固醇合并应用对移植物排异及SLE可能提供额外效果。医'学教育网l整理环磷酰胺是Wegener肉芽肿治疗的选择，亦可能治疗膜型肾小球肾炎及SLE.环孢霉素，藤霉素和霉酚酸酯对肾移植排异很有效，还可应用于治疗其他免疫介导性肾脏疾病。
急性肾移植排异可用抗T细胞单克隆抗体（OKT3抗体）或在动物中培养的抗人T细胞抗体（ATG）治疗。
血小板抑制剂（双嘧达莫，阿司匹林和噻氯匹定）是唯一推荐用于治疗Ⅰ型膜增生型肾小球肾炎的药物。对Ⅱ型膜增生型肾小球肾炎，由于刺激抗原仍存在，很难降低细胞毒抗体的水平。
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